O povoamento de Congonhinhas teve início em 1926, quando José Domingues da Costa, José Carlos de Oliveira, Joaquim Luiz de Oliveira, João Canedo da Silva e a Sra. Eugenia Domingues da Costa, visando à formação de um Patrimônio, fizeram doação à Mitra Diocesana, de uma área de nove alqueires de terras no Município de São Jerônimo. Nesse mesmo ano, os fundadores da povoação mandaram construir uma capela de madeira que teve por padroeira Nossa Senhora Aparecida. Os primeiros comerciantes a se estabelecerem foram José da Costa e Jorge Fadel.
A denominação de Congonhinhas foi devido à abundância da planta conhecida por esse nome, existente na localidade. É o diminutivo da erva denominada congonha, que, segundo tradição, era, muito empregada como substituta do mate, principalmente, para o chimarrão dos primitivos habitantes.
Em 1938, foi criado o Distrito Administrativo de Congonhinhas, pertencente ao Município de São Jerônimo. Em 1943, o Município de São Jerônimo teve sua denominação alterada para “Araiporanga”.
Em 1945, foi transferida para o Distrito de Congonhinhas a sede do Município de Araiporanga. Em consequência, houve uma inversão de valores pois Congonhinhas que até então era Distrito de Araiporanga, elevou-se a Município e Araiporanga foi rebaixado à condição de Distrito de Congonhinhas.
Formação Administrativa
Elevado à categoria de vila com a denominação de São Jerônimo, pela lei estadual nº 1918, de 23-02-1920, desmembrado de Tomazinha. Sede no atual distrito de São Jerônimo. Constituído do distrito sede. Instalada em 21-09-1920.
Elevado à condição de cidade com a denominação de São Jerônimo, pela lei estadual nº 2614, de 14-03-1929. Pelo decreto estadual nº 1076, de 13-05-1932, o município de São Jerônimo tomou a denominação de Jataí. Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, São Jerônimo, figura com distrito de Jataí.
Assim permencendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937. Elevado novamente à categoria de município com a denominação de São Jerônimo, pelo decreto-lei estadual nº 7573, de 20-10-1938, com território do extinto município de Jataí e do distrito de Caeté do município de Tibagi. Pelo citado decreto-lei nº 7573, o distrito de São Jerônimo perdeu parte do território para o novo distrito de Congonhinhas do mesmo município No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 5 distritos: São Jerônimo, Assai, Caeté, Congonhinhas e Jataí.
Pelo decreto-lei estadual n.º 199, de 30-12-1943, retificado pelo decreto-lei n.º 311, de 26-02-1945, passando o município de São Jerônimo denominar-se, respectivamente, Congonhinhas e Araiporanga o distrito de Caeté passou a denominar-se Curiúva. E ainda pelo decreto-lei 199, o município perdeu os distritos de Assai e Jataizinho, para constituir o novo município de Assaí.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município já denominado Congonhinhas é constituído de 3 distritos: Congonhinhas, Araiporanga (ex-São Jerônimo) e Curiúva (ex-Caeté).
Pela lei estadual n.º 2, de 10-10-1947, desmembra do município de Congonhinhas os distritos de Araiporanga e Curiúva, elevando-os à categoria de município. Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído do distrito sede. Pela lei estadual n.º 790, de 14-11-1951, desmembra do município de Congonhinhas o distrito de Tulhas. Elevado à categoria de município com a denominação de Nova Fátima. Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído do distrito sede. Assim permencendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960. Pela lei estadual n.º 49, de 21-11-1962, é criado o distrito de São Francisco de Imbaú e anexado ao município de Congonhinhas. Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 2 distritos: Congonhinhas e São Francisco de Imbaú. Pela lei estadual n.º 5161, de 21-06-1965, é criado o distrito de Santa Maria do Rio do Peixe e anexado ao município de Congonhinhas. Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 3 distritos: Congonhinhas, Santa Maria do Rio do Peixe e São Francisco do Imbaú. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Alterações toponímicas municipais
São Jerônimo para Jataí, alterado pelo decreto estadual nº 1076, de 13-05-1932. Jataí para São Jerônimo, alterado pelo decreto-lei estadual nº 7573, de 20-10-1938. São Jerônimo para Congonhinha, alterado, pelo decreto-lei estadual n.º 199, de 30-12-1943, retificado pelo decreto-lei n.º 311, de 26-02-1945.
